la lucha contra los británicos resultó más complicada. Toussaint no pudo echarlos ni del Norte ni del Oeste. En el Sur, el general mulato André Rigaud lograba contenerlos, pero no era capaz de rechazarlos.
El regreso de Sonthonax como comisario civil en mayo de 1796 hizo planear sombras a las ambiciones de Toussaint Louverture de convertirse en el único dirigente. Consiguió que Lavaux y Sonthonax fueran elegidos septiembre de 1796 diputados ante el Directorio para que de ese modo volvieran a la metrópoli: el primer desde octubre, el segundo en agosto de 1797. Pero para tranquilizar a Francia, envió a sus dos hijos a estudiar a París.
Gracias a las armas llegadas con la comisión de 1796, L ouverture contaba con un ejército de 51000 soldados (entre ellos 3000 blancos). Reemprendió la lucha contra los británicos y tuvo diversas victorias, aunque ninguna de ellas fue decisiva.
Cansados por esa resistencia, luego de fuertes bajas debido tanto a las luchas como a las enfermedades, ante la amenaza de un contraataque de Toussaint en Jamaica y con poco que ganar en esa guerra, los británicos decidieron negociar. Louverture consiguió apartar de las negociaciones al último comisario civil Julien Raimond y al último general en jefe Hédouville, llegado en marzo de 1798.
Para deshacerse de Hédouville, L ouverture alertó a los negros del Norte, que el 16 de octubre de 1798 se rebelaron contra el general, que había ordenado el desarme de los negros, lo que obligó a Hédouville a reembarcarse precipitadamente hacia Francia junto a numerosos blancos. El 31 de agosto de 1798, los británicos dejaban la isla de La Española.