Una vez libre de los controles franceses, Toussaint se volvió contra el jefe de los mulatos, Rigaud. L ouverture, secundado por los generales Jean-Jacques Dessalines y Henri Christophe, aprovechó un incidente y le provocó, con lo que Rigaud inició las hostilidades en junio de 1799 dando comienzo a la Guerra de los Cuchillos.

Desde noviembre la facción mulata se encuentraba acorralada en el puerto estratégicamente importante de Jacmel, en la costa meridional. Alexandre Sábes, llamado Pétion, encabeza la defensa, y Jean Jacques Dessalines dirige el asalto.

La caída de Jacmel en marzo de 1800 pone fin a la revuelta y Rigaud y Pétion, junto con otros dirigentes de color, se exilia a Francia. Toussaint derrotó a las tropas de su enemigo tras una sangrienta guerra.

Deseoso de restablecer la economía del país, Louverture publicó el 12 de octubre de 1800 un reglamento de cultivos que obligaba a los negros a trabajos forzados en las plantaciones, por lo que hubo bastante descontento.

A finales de octubre los negros del Norte se rebelaron y llegaron incluso a degollar a los blancos. En pocos días, Toussaint dispersó a los rebeldes y ordenó fusilar a 13 cabecillas, entre los que estaba su propio sobrino, el general Moise. Para conseguir el apoyo de los blancos volvió a llamar a los huidos y decretó que el catolicismo pasara a ser la religión oficial.

Con estos hechos desplazó a sus adversarios internos y a las autoridades francesas, aunque nunca proclamó la independencia. En enero de 1801 invade la parte española de la isla (que en 1795 había sido cedida a Francia por el Tratado de Basilea) y la anexa, liberando a los esclavos.

El mismo año (el 9 de mayo), propone un Proyecto de Constitución por la cualla colonia, aún proclamándose parte integral de Francia, tendría un gobierno que gozaría de una enorme autonomía y otorgándose a sí mismo el gobierno vitalicio. La Constitución es rechazada por Napoleón quién decide enviar una fuerte expedición militar a reconquistar la isla además de restablecer la esclavitud.