Napoleón tenía planes de establecer un gran imperio colonial en América para lo cual se hizo ceder el enorme territorio de la Luisiana de parte de España y necesitaba recuperar el control total de su principal colonia: Saint Domingue. En enero de 1802 una fuerte expedición militar de 24000 hombres, al mando del cuñado de Napoléon, el general de brigada Charles-Victor-Emmanuel Leclerc, hizo arribo a Haití logrando en un primer momento el acatamiento de una parte de los haitianos bajo falsas promesas de no reinstaurar la esclavitud y de respetar los grados militares de los haitianos.

En esta expedición regresaban Rigaud y Pétion, los lideres mulatos expulsados por Louverture.

Pero Louverture, con la otra parte de los haitianos, no se dejó engañar fácilmente. Se replegó hacia posiciones más seguras, a la vez que seguía una política de tierra quemada y firmó un pacto de amistad con Gran Bretaña. Christophe incendió Le Cap ante la llegada de los invasores.

Port-de-Paix, Saint-Marc y Gonaïves corrieron igual suerte. Los comienzos de la campaña no fueron felices para Toussaint. El general Maurepas, se sometió en Port-de-Paix. Toussaint mismo fue vencido en Ravine-à-Couleuvres y Dessalines fracasó contra Port-au-Prince.

Leclerc intuyó los planes de Toussaint y ordenó la marcha convergente de sus tropas contra Les Cayes, sobre uno de cuyos monticulos se alzaba el fuerte de la Crète-à-Pierrot, donde se libró, del 11 al 24 de marzo, el combate más glorioso de la historia haitiana.

La parte española de la isla apenas ofreció resistencia, pero en la ciudad de Santo Domingo, el gobernador haitiano, general Paul Louverture, se negó a entregar la plaza, contra el deseo de los dominicanos, que se aliaron a los franceses, quien luego de ardua lucha tomaron la plaza.