La burguesía colonial esclavista se dividió en dos bandos, uno integrado por los grandes propietarios y comerciantes, y el otro integrado por la burocracia (es decir, los grandes funcionarios civiles y militares). En cambio, los grandes funcionarios permanecían fieles a Francia.

El 22 de agosto de 1791 estalla la rebelión en el norte. Dirigidos por Boukman decenas de miles de esclavos se sublevan.

Para derrotarlo Sonthonax recurre no solo a los mulatos sino que reúne una fuerza de cerca de 10000 esclavos a los que otorga la libertad.

Privado de su principal apoyo y ya siendo inminente la invasión por parte de los ingleses, busca el apoyo de los negros para lo cual el 29 de agosto de 1793, Sonthonax, decreta la emancipación general de los esclavos en el norte de Saint-Domingue, medida que rápidamente se extiende a toda la colonia.

Toussaint Louverture

Sin embargo, el 5 de mayo de 1794, Toussaint Louverture, libertador haitiano que desde 1791 hasta entonces había luchado para España, influenciado por los comisarios y el general en jefe Etienne Laveaux, se inclina al bando francés.

Sin embargo la lucha contra los británicos resultó más complicada. En el Sur, el general mulato André Rigaud lograba contenerlos, pero no era capaz de rechazarlos.

El regreso de Sonthonax como comisario civil en mayo de 1796 hizo planear sombras a las ambiciones de Toussaint Louverture de convertirse en el único dirigente. Alexandre Sábes, llamado Pétion, encabeza la defensa, y Jean Jacques Dessalines dirige el asalto.

La caída de Jacmel en marzo de 1800 pone fin a la revuelta y Rigaud y Pétion, junto con otros dirigentes de color, se exilia a Francia. Toussaint derrotó a las tropas de su enemigo tras una sangrienta guerra.

En enero de 1801 invade la parte española de la isla (que en 1795 había sido cedida a Francia por el Tratado de Basilea) y la anexa, liberando a los esclavos.