En cambio, los grandes funcionarios permanecían fieles a Francia.
Los reclamos de los mulatos y las tensiones entre los blancos
En la noche del 28 de octubre de 1790 un grupo de unos 350 mulatos liderados por Vincent Ogé y Chavannes, manifiesta frente a la Asamblea de Port-au-Prince exigiendo iguales derechos para mulatos y negros. La tensión surge también entre los pequeños blancos, autodenominados patriotas y los grandes blancos (partidarios de una independencia al estilo de Estados Unidos, que garantizara la continuidad del sistema esclavista).
Dirigidos por Boukman decenas de miles de esclavos se sublevan.
Para derrotarlos, Sonthonax recurre a los mulatos, y con ayuda de estos y las tropas leales logra controlar tanto a blancos como a esclavos. Ambos hechos tiene inmediatas consecuencias en la colonia.
El general francés Galbaud, jefe de las fuerzas en Le Cap, se subleva. Logra derrotar y expulsar a Galbaud pero la liberación de tan alto número de esclavos irrita a los mulatos, que también eran propietarios de esclavos.
El 4 de febrero de 1794 la Convención Nacional Francesa declara abolida la esclavitud de los negros en todas las colonias francesas.
Las luchas contra Gran Bretaña y España
Gran Bretaña y España vieron en la rica colonia de Saint-Domingue un apetitoso botín además de la oportunidad de privar a Francia de una de sus mayores fuentes de recursos.
España, por su parte, intento ganarse el favor de los esclavos prometiéndoles la liberación, y atacó la colonia desde su parte de la isla.
La parte francesa de la isla estaba invadida por la Marina británica y por las tropas españolas a las que se habían unido numerosos monárquicos franceses blancos.
El 31 de agosto de 1798, los británicos dejaban la isla de La Española.
Una vez libre de los controles franceses, Toussaint se volvió contra el jefe de los mulatos, Rigaud. A finales de octubre los negros del Norte se rebelaron y llegaron incluso a degollar a los blancos.