Hasta 1803, el Sur había asistido a los acontecimientos sin tomar parte de la rebelión. Al final, el general Nicolas Geffrard lo arrastó al movimiento liberador.

Dessalines desplegó una actividad extrordinaria desde noviembre de 1802, por todo el Noroeste y el Oeste. Tras crear el 18 de mayo de 1803 la bandera nacional, fraternizó en la llanura de Les Cayes con Geffrard.

La lucha se generalizó contra el ejército cada vez más reducido de Rochambeau, y luego de una serie de campañas (Jérémie, Jacmel, Saint-Marc, Fort-Liberté y Anse-à-Veau), el 11 de octubre, Port-au-Prince capituló y el 17 Geffrard entro en Les Cayes.

A fin de mes, Francia solo conservaba el Môle Saint-Nicolas y Le Cap, que Dessalines resolvió tomar, para lo cual concentró 20000 hombres en Limbé. Comprendiendo que un sitio en regla era preferible a una ofensiva, empezo el 18 de noviembre a bombardear los fuerte de Breda y de Charrier.

Esta campaña que culminó el 28 de noviembre de 1803 con la decisiva victoria haitiana en la Batalla de Vertierres, que obligó a las tropas francesas a capitular en Le Cap.

El 4 de diciembre, Rochambeau capituló en el Môle Saint-Nicolas, terminando de este modo la guerra de independencia.